莉莉的美麗誕生
在1926年的哥本哈根，故事的主角埃恩納是位著名的風景畫畫家，筆觸極度細膩優雅，他有個才氣橫溢卻不若他出名、擅長人物肖像的畫家妻子葛蕾塔。在一次模特兒遲到，又急著作畫的情境下，葛蕾塔動念讓丈夫穿上模特兒的芭蕾舞裝，擺出女性姿態以協助她作畫。埃恩納雖然極力抗拒，但也隱隱流露對於女裝的幽微渴望，在絲襪、女鞋、舞裙的作用下，引導／揭開了埃恩納體內潛藏的女性慾望，這扇祕密的窗一經開啟，似乎再也無法關上。在友人談笑中埃恩納被命名為「莉莉」。
葛蕾塔面對著女裝／女性形態的丈夫，創作慾望也無比旺盛，她繪製了大量的莉莉畫像，畫作中展現了莉莉的各種嫵媚風情，立即在繪畫圈得到極大的肯定，葛蕾塔開始以畫女性肖像／女體聞名，但外人始終不知道她的模特兒其實是男性，並且是自己的丈夫。
莉莉做女人／葛蕾塔愛女人埃
恩納逐漸拋開自己男性的身分，他開始模仿女性的神態，並享受著成為一個女性，也愈來愈只能裝扮成「莉莉」才感受到真正的自我。莉莉跟著葛蕾塔以姊妹淘的身分出入畫家的聚會，也吸引了一個男同性戀亨里克的注意與追求。
葛蕾塔從莉莉身上找到了創作題材與作畫的靈感，但對於莉莉與葛蕾塔的關係，電影比較側重描述葛蕾塔對於丈夫持續不斷的愛，以及內心對於丈夫要變性的巨大掙扎。面對著女裝穿著的莉莉，葛蕾塔表現極度的不安與焦躁，希望埃恩納能夠停止扮成莉莉。葛蕾塔無助的對著莉莉：「世界不是繞著你轉，請找回我丈夫，我需要他。」但在莉莉的茫然、受傷、痛苦中，葛蕾塔放下自己的需求，全心的支持著心愛的丈夫去追求自我。
然而，葛蕾塔只愛埃恩納嗎？其實不然，她對於莉莉的慾望與愛也是明顯有跡的。葛蕾塔是一位主動性極高的自主女性，有著不亞於男性的自信與魄力，一次在作畫時，對著害羞的男模特兒強勢地說：男人屈服於女人的凝視會不安。在繪畫上，葛蕾塔有著自己的執著，在情感上也是主動之一方，她主動去追求埃恩納，性上也是採取主動姿勢（壓在埃恩納上面）。雖然電影沒有清楚呈現，但在面對埃恩納女性化的媚態，葛蕾塔湧現了強烈的創作慾望，在發現埃恩納的襯衫底下穿著女性睡衣時，訝異之後其實產生了興奮與衝動，種種跡象顯現出葛蕾塔自身對於女性的情慾傾向。在回憶錄中的葛蕾塔就清楚呈現這個慾望女人的傾向，她其實一直支持著莉莉的身體轉變，甚至漸漸愛上的是莉莉，而非埃恩納，也不斷鼓勵著莉莉的變性決定。
有個跨文化的有趣連結，那位遲到的女模特兒，將手中的百合花給了扮女裝的埃恩納，並把他取名為莉莉（莉莉的英文lily是百合花的意思），百合在日本文化中有女同性戀的意思，這裡也有讓人會心一笑的巧合。
隱藏在瓦勒風景中的慾望
埃恩納成長於瓦勒，他在畫作中重複出現的美麗風景，是有故事的，他的幼年玩伴漢斯有一次看到穿著圍裙的埃恩納，覺得他「好可愛」，禁不住親吻了他，結果被埃恩納的父親看到，狠狠打了漢斯，自此，埃恩納深深的將自己的「女性」自我隱藏著。小埃恩納愛著漢斯，愛著那個把自己看成可愛女孩親吻的男孩漢斯。扮成莉莉的埃恩納，被亨里克追求著，但在情慾互動中，當亨里克對著她叫著「埃恩納」時，莉莉立即知道，被亨里克慾望的不是女性的莉莉，而是男性的埃恩納，也使莉莉決定離開亨里克，因為她不是男同性戀，她是個「女性」。
改變的道路：理解與支持
莉莉與埃恩納共存了多年的雙重性別身份，莉莉認知也確認自己想要做為女性的慾望，甚至讓她動念要「殺了埃恩納」。埃恩納放棄了自己的繪畫，因為他想擁抱的，是莉莉成為一位女性甚至是一位母親的夢想，而不是埃恩納的藝術事業。在葛蕾塔的陪同下，她們一起尋求醫療協助，過程中埃恩納曾被診斷為精神異常，並接受放射治療，歷經辛苦才找到接受她轉換性別的婦產科醫生，讓她得以進行變性手術，成為首位改變生理的跨性別女性。但因為莉莉渴望懷孕生子，在接受子宮移植手術的時候，因為器官排斥，不幸在術後失去生命。
電影最後，思念逝去莉莉的葛蕾塔回到莉莉／埃恩納的故鄉瓦勒，一條莉莉送給葛蕾塔的絲巾被風吹走，在瓦勒景色中，飛揚起的圍巾看似莉莉在自由翱翔～～
莉莉與葛蕾塔之間，走過夫妻情、摯友愛，互相理解對方、支持對方。「我，莉莉，充滿著活力且得到了活下去的權利，莉莉已經活了14個月，雖然看似很短，卻是非常美滿的一段生命。」在莉莉和葛蕾塔的牽手人生故事中，葛蕾塔堅持自己愛情的抉擇，展現愛下去的勇氣，而莉莉則努力勇往直前，勇敢做回自己。
真正的多元
可能在今日談跨性別，雖不能說已有一個全面友善的環境，但人們對一些多元性別名詞至少還能朗朗上口，也會說尊重多元的政治正確話語，但尊重不是只在抽象的層次，落實在生活中，跨性別身體正是對每個人的生活日常帶來具體的挑戰，從廁所、宿舍，到任何有分男女的空間。改變性別，就改變了身體，跨性別承載著不男不女、非男非女的身體，想要做自己，是一個人生抉擇，對於自己的抉擇，可能不會是完美的結果，但實在不必去強調靈魂裝錯身體，以博取大眾同情；也實在不必順從主流價值的男女二分，硬要選擇只做男或是只做女，而是去面對這個結果不完美的抉擇，接受自己，不怕挑戰社會常規，讓社會空間得以再開放，讓性別框架得以寬鬆，讓每個人都有選擇自己性別的無限可能。